上海市中心底层商铺层高5米还不如住宅的价格的原因如下：

1、用途差异：商铺和住宅的用途不同。商铺用于商业经营，而住宅则是供人居住。商铺需要考虑到商业运营的成本、市场需求、租金收入等因素，这会导致商铺的价格相对较低。

2、地理位置：商铺和住宅所处的地理位置不同，而地理位置对房价有很大影响。中心地段的商铺受到商业竞争、交通便利性等因素的影响，从而导致价格相对较低。

3、市场供求关系：商铺市场的供求关系也会影响价格。商铺供过于求时，价格相对较低；而住宅的需求相对较高，价格相对较高。